男性睾丸发育不全的病因主要有以下内容：
1、解剖因素，由于胚胎时血液供应障碍，或睾丸小降时发生精索扭曲，导致睾丸发育不全。
2、感染因素，比如童年得腮腺炎导致病毒性睾丸炎，导致睾丸发育障碍。
3、内分泌异常，如促性腺激素减少性的性腺功能低下症、垂体微腺瘤等，影响性腺的发育，造成睾丸发育不全。
4、外伤或手术创伤，因为意外或者手术造成男性睾丸受损，也会造成睾丸发育不良或萎缩。
5、遗传因素，染色体异常，原发性小睾丸症和精曲小管发育不良等，都会导致睾丸发育不全。
先天性睾丸发育不良会有什么后果?
先天性睾丸发育不良的患者体检可发现：病人身体多正常，面白无须，无喉节，皮肤细腻，两侧乳房多有增大，腋毛稀少，阴囊空虚，阴茎短小。病人在青春发育期间学习注意力和智力相对较差。
一、少数病人可有先天性眼部畸形，有的伴有腭裂、唇裂、气管、食管畸形或先天性心脏病。
二、患者性格和行为都有不全表现，约1/4患者智力发育迟缓，胆怯，生活不主动，有依靠性，感情不稳定，情绪多变。
三、据统计，此类患者乳腺癌发病机会较高。化验检查时可发现垂体促性腺激素，非凡是促卵泡生成激素(FSH)在血浆和尿中的浓度均较高，血浆睾丸酮浓度则低于正常。