临床发现有部分患者不育的原因是生殖器畸形造成，但是很多人却对生殖器畸形一知半解。如下是四种生殖器畸形可造成男性不育。
类型一：阴茎畸形
阴茎畸形有多种类型，如无阴茎、无龟头、阴茎勃起组织发育不全，隐匿性阴茎(多见于肥胖者，阴茎被埋于包皮及耻骨区皮下脂肪组织内)、双阴茎、小阴茎、蹼状阴茎、先天性阴茎重度变曲、严重的包茎和包皮过长引起萎缩性包茎，包皮紧包阴茎头并与其黏连在一起，阴茎头发育不良，变形并可引起痛性勃起和性交障碍，从而导致不育。
类型二：尿道畸形
医院的专家介绍，尿道畸形常见有无尿道或尿道闭锁、重复尿道(一般是指一个阴茎上有两条或两条以上的尿道;双阴茎时，每个阴茎上有一条尿道，也叫重复尿道。)、尿道上裂、下裂等均可影响性生活和生育。
类型三：睾丸先天畸形
单纯双侧无睾丸罕见，无生育能力。单侧无睾丸多合并无附睾而泌尿系统正常;单侧无睾丸、附睾、输精管、肾和输尿管。这两种情况可能不影响性功能和生育。隐睾症、睾丸发育不全均可引起不育。
类型四：附睾畸形
附睾畸形种类较多，有附睾缺如、附睾节段性闭锁、附睾发育不全、附睾睾丸不连接、附睾囊肿等，约5%的男性不育症可能与附睾畸形有关。